东南大学在国内较早设立生物医学工程专业、建设生物医学工程学科。1984年9月由韦钰院士创建生物医学工程及仪器系，1994年8月更名为生物科学与医学工程系，2006年8月成立生物科学与医学工程学院。1993年被批准建立全国第一个“生物电子学”博士点;1997年“生物医学工程”成为国家一级学科博士点，2002年“生物医学工程”成为国家重点学科。1998年被批准设立博士后流动站，2005、2010年连续两次被评为全国优秀博士后流动站。在2007、2012年的生物医学工程学科全国评估中排名第一。于2014年6月1日隆重召开了建系30周年庆祝大会。
【基本概况】经过三十余年的发展，学院已形成了较为完善的***人才培养和高水平科学研究体系。学院目前拥有生物医学工程、信息与系统生物学、医学与生物物理学等3个系;拥有1个国家重点学科，1个博士后流动站及“***奖励计划”特聘教授岗位;拥有1个国家重点实验室、1个国家级实验教学示范中心、1个国家“111学科创新引智基地”、1个国家工程实践教育中心，以及1个省级重点实验室、1个省级产业技术研究所。学院现有专职教师80余人;在校生869人，其中本科生376人，硕士生303人，博士生190人;在站博士后34人。
【师资队伍】学院已建成一支以优秀中青年博士为主的学科梯队，2002年被评为江苏省“青蓝工程”优秀学科梯队，2002年和2005年，连续2次获国家自然科学基金创新研究群体。学院目前拥有教育部创新团队1个，现任教师中有工程院院士1人，“***计划”国家特聘专家5人，“青年***”1人，***特聘教授3人，国家***基金获得者5人，江苏省特聘教授1人;教授34人，副教授39人;博士生导师40人、硕士生导师62人;4/5以上教师具有海外留学背景。多名教授分别在中国工程院信息学部、国家重大科学计划以及“863”主题专家组等国家级学术机构或专家组中担任重要职务。
【学科专业】生物医学工程一级学科下自主设置神经信息工程二级学科，还具有学习科学、生物信息技术、医学图像与医学电子学、生物医学纳米技术、生物医学材料等重要发展方向。设有生物医学工程、信息与系统生物学、医学与生物物理学等3个学系，及生物医学工程、生物信息学等2个本科专业，及生物医学工程本硕连读专业。
生物医学工程学科是涉及信息科学、生物医学以及化学、物理、材料学等诸多学科的新兴、前沿学科，主要应用电子信息工程和生物医学材料工程的理论、方法和技术解决生物医学技术问题, 研究发展新型生物医学材料、器件及医疗仪器设备等，应用于疾病的预防、诊断、治疗和康复。
【人才培养】积极探索优秀人才培养模式，从单纯的工学到医工双学位，再到七年本硕连读一贯制，形成了较为完善的人才培养体系，是经教育部批准的目前本专业唯一七年一贯制的实施单位，也是国家人才培养模式创新实验区，并成为国家特色专业建设点、生物医学工程是江苏省品牌专业。成功申报国家级生物医学工程教学示范中心，建成华大-东大国家级工程实践教育中心，建成了多学科交叉、针对性强、本硕共享的实验教学平台，强调课内外的紧密结合。拥有国家双语精品课程和全国模范教师。五年来，共培养博士120余名，硕士600余名。在培养的博士生中累计有6名获全国优秀博士学位论文奖。
【科学研究】学院目前拥有生物电子学国家重点实验室，器官芯片学科创新国家111引智基地，江苏省生物材料与器件重点实验室，医学电子学实验室，生物医学信号与图像处理实验室，生物力学实验室、生物表界面实验室等科研基地;拥有江苏省产业技术研究院生物材料与医疗器械研究所，苏州市生物医用材料与技术重点实验室，苏州市环境与生物安全重点实验室，无锡市生物芯片重点实验室等高技术转化应用中心。
近五年来,主持和承担包括国家重大科学研究计划(973)在内的国家和省部级科研项目200余项，其中主持973项目2项，获科研经费2亿余元，发表SCI等收录论文近1000篇，授权专利120余项。获国家或省部级自然科学或科技进步奖8项。
